你知道为什么要使用高浓度琼脂糖凝胶去分离分子量小的DNA片段吗？

 

来源公众号：不想当NPC的生物小帅

我这几天在进行琼脂糖凝胶电泳多重扩增PCR时突然想到一个问题，我们都知道的一个事实就是在琼脂糖凝胶电泳过程中，分子量小的DNA片段跑在前面，分子量大的片段跑在后面，如果要分离很多分子量较小的DNA片段时需要使用高浓度琼脂糖凝胶（例如，2%，3%），但是这个里面的原理是为什么呢？为什么高浓度的琼脂糖凝胶就可以分离小片段的DNA，这个里面的具体动作是什么？不知道大家有没有思考过这个问题。

我上网上查了一些资料，给大家分享一下，希望能够给大家有所帮助！

1.琼脂糖（Agarose ）

首先我们先要明白琼脂糖凝胶的性质，天然的琼脂是一种多聚糖，主要由琼脂糖和琼脂胶组成。琼脂糖是由半乳糖以及其衍生物构成的中性物质，不带电荷。

琼脂糖凝胶是以琼脂糖为支持介质制备的凝胶，当琼脂糖粉末加入到TAE或TBE缓冲液中加热时，琼脂糖分子间的氢键断裂，使分子分散在溶液中，当溶液冷却时，琼脂糖分子间重新形成氢键，形成三维的多孔网状凝胶结构。

2.琼脂糖在DNA电泳中的作用

DNA带负电荷，在电泳装置中，从负极迁移向正极方向，DNA在这个迁移的过程中，必须要穿过琼脂糖凝胶的空隙，由于凝胶的多孔性，DNA分子在迁移的过程中会受到物理阻滞，导致不同大小的DNA片段在迁移过程中的速率不同。

琼脂糖凝胶之间空隙的大小取决于琼脂糖的浓度，低浓度琼脂糖形成的空隙较大，而高浓度的琼脂糖凝胶空隙较小。所以我们在分离分子量小的DNA片段时，会使用高浓度琼脂糖凝胶，使得空隙更小，对DNA的物理阻滞的力量更大，这样我们就可以使用高浓度琼脂糖凝胶对分子量相差不大的DNA片段进行分离。

好啦，今天分享就到这里啦。我分享的一般都是一些微不足道的小小问题，希望能够对大家的实验过程有所帮助！！

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