作者:刘靳波(西南医科大学附属医院)
PCR(聚合酶链式反应)除了体外扩增DNA、获取目的DNA片段以外,还有哪些功能?新型冠状病毒检测时的“核酸检测”是如何进行的?
PCR是一种在体外快速扩增特定基因或DNA序列的方法,故又称为基因的体外扩增。它可以在试管里建立反应,经过数小时,就能将极微量的目的基因或者特定的DNA片段扩增数十万倍乃至千百万倍。
简单地说,PCR的基本反应过程一共分3步:
1)原始的模板DNA在95℃的高温下打开双螺旋结构。
2)温度降至目的基因对应退火温度,引物与模板DNA相结合。
3)目的基因从引物开始延伸,延伸一般在72℃下进行,最终形成2条全新的DNA。
以上3步循环进行就能得到大量目的基因片段,也是PCR反应的基本原理。因此,问题中的体外扩增DNA只是PCR技术的基本功能。不过根据其基本原理,科学家发明了PCR的各种变体,如反向PCR、不对称PCR、多重PCR、荧光定量PCR、反转录PCR、巢式PCR、递减PCR、长片段PCR、高GC含量PCR等。它们在科学研究上都有强大的功能。例如:反转录PCR可以把病毒等的RNA转化成cDNA,然后进行基因扩增和分析;高GC含量PCR可以解决碱基间氢键作用力过强而不能进行常规PCR的问题;多重PCR是在同一PCR反应体系里加上2对以上引物,同时扩增出多个核酸片段的PCR反应,可以用来进行多种病原微生物的检测、鉴定和分型;巢式PCR使用2对引物,第1对PCR引物扩增片段和普通PCR相似,第2对引物称为巢式引物,结合在第1次PCR的产物内部,使第2次PCR扩增片段短于第1次扩增,巢式PCR的优势在于,如果第1次扩增产生了错误片段,则第2次在错误片段上进行引物配对并扩增的概率极低,因此,巢式PCR的扩增特异性非常高。
对于新型冠状病毒核酸检测是如何进行的这个问题,其实,新冠病毒核酸检测也没有那么神秘,它也是PCR的一个变种,是将反转录PCR和荧光定量PCR结合起来的一种实验室技术。首先破坏新冠病毒外壳,使它们“原形毕露”,暴露出自己的病毒RNA,然后通过反转录PCR技术将其转变为cDNA,然后再进行PCR,只不过会在检测体系中加入荧光探针,这种荧光探针可以特异结合扩增产物,在PCR扩增过程中被水解发出荧光,通过对反应中荧光强度的检测,就可以判断标本是否存在新型冠状病毒。
文章来源:刘靳波.专家答读者问:PCR和新型冠状病毒核酸检测相关知识[J].生物学通报,2023,58(03):78.
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